ポーズってそもそもエディット入りなおしでリセットされるもんじゃなかったっけ
着衣も表示設定で脱がしてるだけなら全着衣になるのが普通なんじゃね
CM3D2.PersonalizedEditSceneSettings.Pluginでポーズとか背景は保存されるようになるけど
いまいちどんな症状かわからんけどクソスペノートの俺は弄り続けてから保存するとサムネが真っ白になったりテクスチャバグったりするってのもある