今のところ本編への引継ぎは一切ないけどクリアーした時点でのデータは別に保存されてて
アフターモードで使えるみたいよマニュアル見る限りだとね
本編への引き継ぎ一切無い今のところ　アフターモードのクエストクリアーすることで部隊の能力地恒久的に上がる実績貰えるみたいだけどね