ユーザー数が増えたせいだと思うんだけど、フレンド入れ替えに時間かかるね
たとえばログイン20日以上の10人を切って、申請受けてる人の中から10人選ぶ
ただそれだけなのに10分以上かかってるわ

SELECT文やらUPDATE文のWHERE句を見直してみてはいかがです？