拠点レベルのことなら、あれはキャラの強化に使った経験値だぞ
手動でクエストやっても委任でも変わらない

バグなのかは知らんけど、裏で使った経験値量がカウントされてて誰かのレベルが上がったタイミングでまとめて加算される