あれれー？
私は今はAutoLinkしか使ってなくてこのためにだけInk_shuffle5.19フォルダからdevenum.dllを持ってきて貼り付け、Archive Tool を起動しました。
でスワップ設定をした後に生成されたmod.configファイルの中はこのようになってます。
0x3106:0x40002481:0xbe240:mods/KASUMI_DLCU_050.TMC
0x3107:0x40002482:0x422480:mods/KASUMI_DLCU_050.TMCL
この場合KASUMI_007をKASUMI_DLCU_050にスワップしてます。
で、modsフォルダにKASUMI_DLCU_050.TMCとKASUMI_DLCU_050.TMCLが貼り付けられているわけですが、
たしかInk_shuffleもArchive Toolも同一のmod.configファイルとmodsフォルダを使ってたはずです。
併用できたはずですがInk_shuffleで登録済みのファイルと同名だとうまく動かなかったような気が(うろ覚え)
あるいはfile5lr.dat関係でしょうか？
やはり直接目にしないと解らないですね。お力になれそうになくて申し訳ございません。