語源は1970年代、男性同性愛者向けの雑誌『薔薇族』で編集長を務めた（2011年引退）伊藤文學が、男性同性愛者を指す薔薇族の対義語として、百合族という言葉を提唱したことによると言われている。
同誌には女性読者の投稿コーナー「百合族の部屋」が設けられた。
また、従来日本においては「立てば芍薬、座れば牡丹、歩く姿は百合の花」と、美人を百合に例えることがしばしばあったが、男性同性愛者が真っ赤な薔薇にたとえられていることから、伊藤はそれとの対比で女性的なイメージの強い白百合を当てたという説もある。