ある日、公園でジョギングをしていた警視庁の目黒警部が何者かにボウガンで襲撃された！！
その後、探偵・毛利小五郎の妻である妃英理に毒物を服用させようとする事件が発生。
残されたヒントから、主人公・江戸川コナンは襲撃に法則性があることに気づく。

────容疑者に浮上したのは、過去に警視庁の刑事だった小五郎に恨みを持っていると思われる人物。
娘の蘭はその人物と両親が絡む過去の事件を思い出し、父に不信感を抱く。
そんな中、次に襲われる可能性のある小五郎の知人が海上の娯楽施設「アクアクリスタル」に行くことになり、コナンたちも同行することになった―。