泊めてる間にあなたとこの先関係を続けられない何かを感じたんだろうね。

理由はさまざま考えられるけど、一番貴方に当たり障りのない解釈としては、実家バレの危険要素を切りたかったのかも。。
要は、貴方は秘密を知りすぎたから消されたっていう。