トウジは医者になっていて委員長との間に子供もいる
トウジは優しくしてくれるが、義父は飯を食わずウジウジするシンジを叱り、仕方なくケンスケとアスカの家に居候
ケンスケは加持さんのようなカッコいい大人になっており、シンジを優しく見守り、シンジは癒やされ成長する。レイは液体になる
決戦の日、シンジとアスカはミサトの艦に乗り裏宇宙でゲンドウと戦う
アスカとマリは奮戦するが敵わずゲンドウの人類補完が始まる
ゲンドウはシンジの中にユイがいると知り電車から降りる
シンジは、アスカカオルレイを補完して救う
最後に、シンジは槍で自分を刺して終わらそうとするが、ユイに止められる。ゲンドウの目的はユイを見送ることだった
マリがシンジを迎えに来る。補完は終わり地球は清浄化される
駅のホームで大人になったシンジ。隣のホームにアスカカオルレイ
シンジとマリが手を握って走り出して終わり