問題の環境(環境A)とは別環境(環境B)に>>184と同じ手順で入れて問題が起きないことを確認した
その後、環境Aと環境BのファイルのMD5ハッシュを比較したけど、セーブや設定など以外のファイルに違いはなかった
うちのは環境固有の問題のようなのでもうちょい調べる

ちなみに、真っ新の3D2(Ver.1.00)から最新にする場合でプラグインパック(3D2+など)を入れない場合は、
「Ver1.00〜1.12向けアップデータ」 cm3d2_up_for_1_00-1_12.zipと最新のパッチの両方を入れる必要がある
最新パッチは古いパッチのファイルも含むけど、サイズが大きいtexture2.arcとvoice2.arcは、各Ver.パッチには含まれていないので(調べた)