引継ぎって言うけど、
・開発済み兵器・所有ユニットは最終時のまま
・フラグ類はリセット、回想はそのまま
・序盤などフラグ分岐まではストーリー・MAPは飛ばせる

これ、そんなに修正難しいか？
この程度最初からやっとけって思うんだが