かなり忘れてるけど概ね以下の通りかと
・ましろ、久遠、七海などはAIなの？それとも現実からファーストに来てる人なの?
→全員AI
・AIだとしたらましろや久遠も本編最後で現実世界に遺伝子研究所で体を作り、戸籍や家がない状態で（アペイリアが用意した？）人として生活してるってこと？
→その通り、アペイリアの能力は現実世界でオーバースペックなので大体何でもできるので、戸籍やら生活に必要なものは用意した
・なんかいい感じに終わった風になってるけど、三羽は姿を消しているしファーストの管理プログラムが敗北したことを現実の科学者たちも察知してるだろうし、零一達に身の危険がありそうだけどなんで大丈夫なの?
→アペイリアが隠蔽あるいは偽装していて誰も不振に感じないようにしてると思われる
なおFDで零一は他のAIキャラに遊びに誘うかのような軽いノリで現実世界に誘ったりしてることからも、身の危険は微塵も無い模様
本編三羽がラストでどうなったか良く覚えてないが、前述の通りアペイリアに頼ればどうとでもなるはず
ただこの人だけは元から人間だから、データ弄って解決できることは良いけど、過去の人間関係の問題は自力で解決する必要がある