そこに所属する可憐なメイド達は、訪れるお客様にダンスや会話で様々な癒しを与えていた。
ある日、主人公は親戚の叔父に呼び出される。
その叔父は、様々なカスタムが可能なありとあらゆる可能性を内包した新世代のエンパイアクラブを新たに作り上げたと言う。
叔父は主人公に、何故か気前良く新世代のエンパイアクラブを譲渡してくれたが……そのエンパイアクラブには莫大な借金が隠されていた。
主人公は借金塗れのエンパイアクラブを押し付けたまま高飛びした叔父を恨みつつも、味方の基地を強襲するという不可解な作戦に参加させられる。
作戦中、キリコは「素体」と呼ばれるギルガメス軍最高機密を目にしたため軍から追われる身となり、町から町へ、星から星へと幾多の「戦場」を放浪する。
その逃走と戦いの中で、陰謀の闇を突きとめ、やがては自身の出生に関わる更なる謎の核心に迫っていく。