まあ、創作物のよくあるパターンとしては、

アセリア本編開始時は「マナの制限があった」もしくは「マナの制限があると考えられていた」ので同人部隊のようなものは運用不可能であったが、
何らかのタイミングで、「技術の進展」もしくは「試してみたらマナの制限なんてなかったぜやったぜということが判明・流布」したので、
こぞって同人部隊のようなものが運用されるようになった。ただし主人公チームには特にその事を伝えない。
ということなんすかね。
目立つ物騒すぎる部隊がいるのにアレへんだぞ、ともおもわないのはアレだけども。

物語の基本設定のひっくり返し自体はJRPGでもよくある話なんだけども、
それは意図的にミスリードを誘導する目的て作るものであって、ちゃんと最初から織り込み済みで設計しないとなかなかめんどいことになりますよな。
単にこの設定めんどいからなかったことにしようぜ、レベルの意識だと単なる設定破壊でしかないですし。
まー、コンシューマゲームでも「あるキャラクターを贔屓する目的を持って」「後付て基本設定をあれこれ引っかき回す」「挙げ句基本設定の整合性が崩壊」などということはたまによくありますな。
ゼスティリアとは言わんが。