プレイしての疑問点（ネタバレあり）
300日間監禁に抗わないシュウ（ミザリーも真っ青）
オーロラの正体
2回目の学園都市（森で退路塞ぐのは無理があるのでは）
外の世界から才能ある子供たちを調達できた理由
最終章で修先生とシュウと記憶を同期させているユネ
サクヤを7回過去に飛ばしていてシュウの時からは少し慣れていた最終章回想ユネ（サクヤのパートナーはギドウでは？）
赤林檎は緑林檎を食べると効力がなくなる（なぜシュウにその知識があったのか　ご都合すぎ）
シュウはなぜか緑林檎と赤林檎を併用できる
黄金の林檎（デウスエクスマキナ）で不老不死になったユネ（かわいそう）
ギドウも18回（ユネが肩代わりしたとしても7回）赤林檎の力を使っているのに平然としている
リリィボイスのパーソナリティの正体