早速の返答ありがとうございます。
元々GP01以外の公式・非公式MODは導入していなかったのですが、CM3D2側は色々いじっていたので、
・SteamVRのベータ版「ではないほう」を再インストール、ルームスケール再設定
・一旦COM3D2をアンインストール、インストール先ディレクトリも削除
・「互換設定」での自動認識を避ける為、CM3D2のディレクトリ名を一時的に変更
・COM3D2の再インストール（ランチャー表示バージョン 1.00 x64）
この状態でVR起動をしようとしても、やはりKissのロゴが出るか出ないかあたりでゲームがフリーズし、Vive側の表示もSteamVRの画面（灰色のドーム）に戻ってしまいます。
まさかと思って、グラフィックボードのベンダーOCを切ってデフォルトクロックに設定しましたが、改善しませんでした。
ちなみにこの状態でも、デスクトップモードでのプレイは可能で、エラー等も出ていないようです。
また、インストール先はゲーム用のディスクにしていますが、パスは全て半角アルファベットにしてあります。
体験版で動いていた（ゲーム内の透明タブレットを拾って、ある程度ゲームを進行できた）状態なので、環境依存は考えにくいのですが…
もしも他に試したほうが良いテストなどがあれば、是非教えて頂けるとありがたいです。