俺もぜんぜん使いこなしてるわけじゃないけど
もしPureRefの「使い方」がリファレンス画像を半透明にしてトレースするためであるのなら
SettingsのColorsでOpacity調整するだけな気がする
(Alt+4〜7で不透明度を変更したプリセットを切替)
あとは拡大縮小回転反転のショートカットぐらいで自分の用途だと特に問題ないかも