ShapeAnimator.xmlが自動生成されてないのだったらプラグインが正常に動作してないですね。
現在手に入るCOM3D2で作動するShapeAnimatorはcom3d2_mod_kyouyu_220のver0.3.7.0
になると思うけど、これ使ってる？
UnityInjectorのコンソールの最初の方に
Loading Assembly: 'C:\KISS\COM3D2\Sybaris\UnityInjector\COM3D2.ShapeAnimator.Plugin.dll'
Loaded Plugin: 'ShapeAnimator 0.3.7.0'
がちゃんと表示されているか。(C:\の部分はインストールしたディスク）
そのもう少し下のPlugin Manager Startの中に
Adding Component: 'ShapeAnimator'
が表示されているか。
購入したばかりとのことなのでゲーム本体のバージョンがあまり古いと作動しないことがあるかも。