読み返してふと思ったけど、
Sybaris.AutoCompile.Patcher.dllは\KISS\COM3D2\Sybarisに置くので
Sybaris.AutoCompile.Patcher.xmlが生成されるのは\KISS\COM3D2\Sybaris\Configになる。
COM3D2.ShapeAnimator.Plugin.dllは\KISS\COM3D2\Sybaris\UnityInjectorに置くので
ShapeAnimator.xmlが生成されるのは\KISS\COM3D2\Sybaris\UnityInjector\Configになる。
同じConfigって名前のフォルダが2箇所にあるので混同しないように注意ですよ。