ちょっと意地が悪かったので補足
たとえばこういう検証をしてみたら良かったと思うよ

１）試しに「Saves/scene/MeshedVR/default.json」をVAMで開いてみる
　→自分が上書きしたいシーンじゃないことに気づく

２）エクスプローラでSavesフォルダ内を「default.json」で検索
　→scene直下にあることがわかる

３）「Saves/scene/default.json」をVAMで開いてみる
　→自分が上書きしたいシーンであると判明