modなし環境で>>209と近い症状なったことある
元々シーン内で同名キャラ2体使ってて
Hパートでキャラを入れ替えたらADVパートのキャラ配置がおかしくなった

ただ自分の方だと服装関連まではバグらなかったし
キャラ入れ替えてない他のHパートを開くとか
ADVでキャラ配置編集ボタン押すとかしたらなんか知らんけど元に戻った
（そのまま作業進めても特に問題は起きなかった）ので謎