自分も昔、ダークネス入れたらVRで挿入後にボタン選択ができなくなったけど、なおったよ。
何かのMODのバージョンが古いか対応してなかったような。何だったかは覚えてない。

詳しいほかの人の書き込みなかったら、BepInEx内のDLLを一通り最新にしてみるか、
特定したいなら半分ずつDLL退避して再現するか確認してみれば、どれが原因かすぐにみつかると思う。

HF Patch当てなおしても正常だったから、HF Patchに抵抗ないならそれの方が手っ取り早い場合もある