既存のシーンと VMD(表情) / 音声のみのマージを試していて気が付いたのですが、
VMDPlayPluginのためにBepInExを実行すると通常のプラグインスクリプトがロードできなくなってしまう問題が発生していました。
その回避用のBepInExプラグインです。

VaMScriptLoadFix_1.0.0.zip
https://mega.nz/file/9VQhnIhT#UW0BJ4iKo_Wp6GDhRHe0tm-LHt9JgIPMhDIDFJ-lHVw