> コピーする前に本体(CM3D2＆COM3D2)を新規にインストールした後アップデートも適用した方が良いのでしょうか?
上書きしてしまうので不要

> それともコピー後にアップデートした方が良いのでしょうか?
普通は不要。万が一挙動がおかしかったら試すくらいの気持ちで良い

> 又、コピーする際は新規にインストールした本体のデータ(GameDataやCOM3D2x64_Data等)を古いデータで上書きする事になると思うのですがそれでもそのまま丸ごとコピーしてしまって大丈夫なのでしょうか?
大丈夫。むしろ下手にあれこれ選んでコピーする方がおかしくしそう