途中で奪ったのならどちらも中途半端になりそうな気がする
光には何の効果があったのか。男性化？女性化？それとも性反転？

性反転にするなら

義妹：中途半端に男性化
→体と精神は女性だが男性器のみ生える（ふたなり）

主人公：体が完全に女性化。精神は男のまま

ん。。。↑なら筋は通る気がするな

まーこういうのって作者的に
「○○のシチュが作りたいんだよ！それに至るまでの設定は大筋通すので
　細かいことはスルーして、シチュを楽しんでね」

でも個人的には良いと思う