言葉足らずだったからちと補足しとくと
そのマニュアルのCOM3D2 & BepInEx Ver.5.4.x の場合の4に書いてあるとおり
config\org.bepinex.plugins.unityinjectorloader.cfg
↑このファイルの書き換えは必要ね
要するに5系ではconfig.iniが消えてこっちに場所書くの