異常って事はないかと思います。
MMD再生でGPU負荷が上がる事もあるとは思いますが、
再生していてもいなくても、VaMの画面は描写され続けているので
再生してない時点で上限近い99%を使っているなら、MMDを再生して
GPU使用率が変わらなくてもおかしくないです。
ちなみに、User Preferences左上のFPS表示はどのくらいになっています？
あと、有料版MMDプレイヤー使用時限定の話だと
自分もかくつくことがあります。同じような話題が以前あって
「グラボのパワーリミットかけると良い」とかいくつか案が出ていました。
うちの環境だと、表情を読み込まないようにするとましになるので
表情モーフ読み込みが何か悪さしてるのかなーと思いつつ放置してます。
自分は、古めのver3.10.0を使ってるのと、無償版と併用している
変な環境なので、あまり参考にならないかも。