新しいMMDプラグイン気になってたから試してみた。
1曲だけ入れてシーン保存、VaM再起動して読み込みなおしたけどちゃんと再生できたよ。
1曲いれただけで、セーブしたjsonファイルが数百MBになっちゃったから
何曲も入れておきたい場合、timelineのReduce keyframes機能でデータ軽くした方がいいのかも。
動きの品質は下がるかもだけど。
もしくは1曲ごとに、timelineのモーションデータとしてexportしておいて
鑑賞するときは全曲importしてから鑑賞するとか。
過去に手動でMMDデータをtimelineに入れたとき、セーブデータとかtimelineのexportデータが
500MB超えたあたりから正常に読み込めなくなった記憶がある。