varの中にあるモーフファイルを取り出してCustomフォルダに置いてから
sceneファイルのjsonの中の記述の

"aaaa.bbbbb.1:/Custom/Atom/Person/Morphs/female/~.vmi"

というのを見つけて最初のvarの名称を削って

"Custom/Atom/Person/Morphs/female/~.vmi"

と書き換えれば良いよ
ただしこの方法で整理したら他人に自作シーンを配布するのは諦めたほうがいいけどね