たぶんだけどWindowsのファイルシステムが「使用したフォルダはまた使用される可能性が高い」と考えてキャッシングしているだけで
再起動しなくてもしばらくPC弄ってればキャッシュは消えるし、ユーザーからはアンコントローラブルかと

KKS_MODinfoでzipmodサーチ設定にすると一度目は時間かかるけど二度目以降はサーチ早くなる
この状態でゲーム立ち上げると起動は早いよ、\mods以下がキャッシングされてるから
逆も同じで、PC再起動してコイカツ立ち上げた後にMODinfoのサーチすると一度目から早いよ