まず、一企業が好き放題出来る権限はない。個人ロダが削除されたり停止したなら警告を受けた本人か、管理してるプロバイダ等のサービスが利用停止させてる。
んで、もしサービス側が停止されてるなら、改造されたソフトを所有してる権利元の主張が通ったわけだが、違法アップロードなどは当然削除の対象や利用停止になると考えられる。

ちなみに改造行為そのものが、著作者人格権の同一性保持権の侵害に当たる行為になってくるので、規約で禁止してる改造行為が判明してる段階で改造データを違法にアップロードしてる扱いになってもおかしくない。
だからこういう社会通念での削除申請が通ってると思うが、それが越権行為だというなら裁判しないと正当性は担保出来んぞって言ってんだがな。