FRK氏のシーンデータを使っていて、そのなかのキャラのFaceDiffuseテクスチャを改変するっていう話の流れでよかったですか？
そしたら、Photoshopで加工したDiffuseテクスチャはCustom内のどこかに保存しますよね
（たとえばCustom > Atom > Person > Textures 内など）
で、その加工結果を確認するには、VaMのSkinTexturesタブでDiffuseFaceのSelectボタンでそのファイルを指定し直ししてますか？
加工結果の確認は何十回も繰り返しが必要だと思うんですが
まさかいちいちシーンデータを読み込み直ししてませんよね？
どこまで出来ているのかこちらにはわからないので、そちらからマメに質問するしかありませんよ