現状、漫画、アニメ、音楽の著作権は以下の団体が管理してる
漫画は日本漫画家協会
アニメキャラクターなどの著作権は日本ユニ著作権センター（JUCC）
アニメ音楽はあの（悪名高い）一般社団法人日本音楽著作権協会（JASRAC）
分野毎にこの三団体がロイヤリティを受け取る側の実務に当たる
一方、ロイヤリティを支払う側の実務は、
エロゲ、一般ゲー、同人ゲーの場合コンピュータソフトウエア倫理機構
エロ同人、一般同人の場合、
思案したんだが一番情報やノウハウの蓄積があるのはコミックマーケット準備会でどうだろうか？
払う側の取りまとめ窓口
受領する側の取りまとめ窓口は既存の団体がこうして存在している