FPS制限に関してはMSI afterburnerでもnvidiaコンパネからでも良いと思う
nvidiaコンパネからの垂直同期は様子見てオンかオフ（アプリ側の設定優先）にすりゃ良いと思う
モニタのリフレッシュレートに関してはウチは120HzなんだけどOS側で60Hzにしてる
おま環なんで設定する必要は無いんだけど、ウチの症状としてはハニカムやサマバケとか60fpsに制限していてモニタ120Hzのままだとキャラの移動がコマ飛びするようになっちゃったからモニタの方もOS側から60Hzに落とした
OS上で60Hzの状態でFPS制限無し垂直同期未設定にするとゲームが60FPS超えて動作するん
FPS制限有り垂直同期未設定だとFPSは制限通りに動作するんだけど、エリア移動とか読み込みとかでのFPSの落ち込みのガクガクが10秒くらい続いてた
FPS制限有り垂直同期オンにするとFPSの落ち込みも瞬間的にカクっとしてすぐ復帰する感じで気にならなくなった