反射or貫通でなきゃ倒しにくい敵（反射制限、貫通制限）がいたり、
敵の中心に弱点（貫通でなきゃ当てられない）がある敵がいたり、
クエストによっては反射必須とか、貫通必須のクエがある。
あとは友情コンボ（＝ハーモニー）が強いキャラがいるから、砲台枠という運用方法がある。
この場合貫通キャラは確実に友情を発動できるので便利。
友情だけで敵一掃できたりするしね。
あと友情の種類に、動いてるキャラに向かって発射し続ける高威力の友情（プラズマ、追尾弾）とかがあったりね。
これは貫通キャラと非情に相性がいい。
反射のメリットはこっちとほぼ同じだね。狭い場所で単体に対して高威力を出せる。
こんな感じで使う人のスタイルやクエの特性によって使い分ける感じ。
まあ最近は、キャラのインフレや強引な新キャラ接待クエ、めんどくさいだけのクエなんかが多くて俺も最近はたまにしかやってないけど。