手描きアニメだと大人数のアニメーターが関与するけど、あれらの人々は契約上の特記がなくても同人活動ができないのか？
もちろん違うよね。
委員会が権利を持つ"素材"とは、アニメ映像や公式イラストなどであり、
キャラを描く二次創作はある程度認めている。
3Dモデルは成果物の映像を作るための道具に過ぎず、特別な契約でなければモデル自体の権利は委員会にはない。
吉崎先生が公式イラストを描くのに使ったペンや私的なメモの所有権が委員会に無いのと同じ。
吉崎先生だって色紙イラスト描くけど、あれはいちいち許諾を得ているわけではないだろう。
原作者や監督や作監などの中心的なスタッフが同人出すのは普通は避けられるが、
今回は二次創作に寛容というのが売りだったし、ジャストプロが委員会の一員なので、そこに「認識相違」が生じたとしても不思議はない。
色紙イラストでたとえるなら、あまりにも精巧なイラストを描いてしまうとどうかという問題に近いと言える。
他人の同人でも、どう見ても公式にしか見えないほど上手だと騒動になるのにも似てるかな。