未来世界で魔女に対する偏見や迫害に怒り心頭なアルティミシアさんが世界征服しちゃって
そもそも魔女を差別する習慣を無くそうと過去への介入を始める
そこで目を付けたのが過去の世界の魔女イデア
でイデアはアルティミシアに完全に支配される前に魔女を殺す組織の養成所としてseedを設立する主人公はそこの生徒で実はseedの候補生は殆どがイデアの経営する孤児院出身
何やかんやあって最終的に未来世界で主人公はアルティミシアを倒すんだけどそこへ孤児院の先生時代のイデアが現れてアルティミシアの力を継承してしまう
以後seed設立の前辺りに戻ってループ