ドットってのは画像データを順番に表示するだけなので
そのくらいのことはどんなプラットフォームでも出来なきゃゲームは作れないので問題が無い
花の形式に近そうなFGOで例えよう
http://cwsontario.org/wp-content/uploads/2016/01/wpid-BvFsHlg.jpg
FGOはこういうバラバラのパーツを動かしてキャラのアニメーションが作られている
UnityならUnity用のデータFLASHならFLASH用のデータが存在する(Live2DしかりSpineしかり)
データの持ち方はそれぞれ違うし使える機能や形式も違う
画像にしても1枚にまとめて読み込みを早くさせるものから1枚1枚がバラで容量削減に特化してるものもある
それらのツールはある程度色んな出力形式を出せるようになってはいるが全ての形式を網羅して完璧に出力できるツールってのは中々無い
なので特定の出力形式で出す際に色々制限が掛かったり替えの機能が補ったりで補間されたりする
ことFLASH→HTML5ってのは基本的に下位互換への変換に近い(下位互換では無い)ので
FLASHで使える基礎的な機能以外の殆どが使用不可能になる(色を変えるとか明度を変えるとか加算合成とか諸々)
恐らく作り直しってのはここら辺のことだろうと推測する