え〜と、自分も深くは理解していませんが、txtの記述がpngでも問題ないはずです。
ただし、a_charaにひとつもswfがないとおかしくなります。メインストーリーではないかもしれませんが先頭行がpngもダメだったかな。
以前のメモをみたら、1-3-2-1はa_charaにswfが一つもないため上手く再生できないみたいです。
・・・\src\swf\chara\blank\JPEG\PNG\blank[0].png を用意して、1-3-2-1の先頭行のa_charaにblank.swf(pngでない)を指定すると動きます。
blank[0].png は無色透明なダミーですのでない場合でも適当に作れます。
メインストーリーでは1-3-2-1だけ対処すれば大丈夫なはずです。（全部チェックしたわけではないですが）