スキルLv1はスタック化してスキル枠とは別に倉庫みたいなところに保管できれば解決すると思うよ
被ったキャラは片っ端からスキル転生するだけでよくなるし

現状の問題はスキルを拾ったりキャラを転生してスキル化すると
なんらかのアクションをしない限りスキル枠を埋めてしまうことだからねぇ