今更だが土方蒼について問い合わせてみたが仕様だということ。

ブラックファイブのエネミーにおいては、
スキル4「ブラックファイブ」を持っています。

当該のスキルは「最大HPに比例するダメージを大幅に軽減する」パッシブスキルであり、
最大HPに比例するダメージは全て軽減されます。

そのため、局中法度☆新選組 蒼の「閃光滅突」をはじめ、
同様に最大HPに比例するダメージを与えるスキルについては、
実際に与えるダメージ量が少なく感じられる場合もございます。

とのことでした。