ごめん説明が足りなかったみたい
具体例を書いてみるから試してみて
1 コマンドプロンプトを起動
2 jbin2json.exeがC:\tmp\Sinkoitenka_v3\Releaseに格納されていると仮定
3 コマンドプロンプトで
cd /d C:\tmp\Sinkoitenka_v3\Release
を実行
4 jbinファイル(仮にそのファイルはaaaa.jbin)がC:\tmp\jbinに格納されていると仮定
5 コマンドプロンプトで
jbin2json.exe C:\tmp\jbin\aaaa.jbin
を実行
失敗(エラー)だとエラーメッセージがコマンドプロンプトに表示されるから失敗したらそれを張り付けて