ネタバレとして問題ならなさそうなところで言うと、
近未来編で妙子のパンツを盗む描写がNG食らったらしく、妙子のヘソクリになってて、西部編で盗めるアニーのシミーズもアニーの日記に変わってる
さらに同じく西部編では回復アイテムのタバコや酒がただの傷薬とかに変わってる たぶん露骨に未成年なポゴとかが最終編で使えちゃうのを防ぐためかと
ボイス仕様については「主人公名変更可能」「基本フルボイスで主人公の名前も呼びまくる」仕様がバッティングした結果、
主人公名だけ飛ばして台詞を読み上げる箇所が多々あって、そこがなんというか不満だったなあ
システム面の改善周りは……旧版遊んでたらすぐわかると思う 滅茶苦茶親切になってる