物語は、陰陽師である主人公の若き少女・黒川真琴が、総本山『陰陽寮』に入寮したところから始まる。
ある日、真琴は新たな相棒としてイズナとアスカと出会う。
イズナは年齢百歳を超える大妖狐であり、アスカは真琴の先代の主人が使っていた犬神のアヤカシだった。
真琴と仲間たちは、陰陽寮の任務をこなしながら、さまざまな事件に遭遇する。
ある任務中、真琴たちは不思議な水晶を発見する。水晶の中から現れたのは、確かな記憶を持たない少女ナギだった。
真琴たちはナギを仲間に加え、マガツヒと戦う旅に出る。
しかし、ナギが持つ謎めいた力によって、彼らはマガツヒの陰謀に巻き込まれてしまう。
真琴たちは、ナギの過去を明らかにするため、旅を続ける。
途中で、ナギが突然力を失い、マガツヒに捕まってしまう。
真琴たちは、ナギを救うため、マガツヒの本拠地へと乗り込む。
そこで、ナギがかつてマガツヒに対抗するために作り出された兵器だということが明らかになる。
真琴たちは、ナギを助けるため、彼女の本当の力を引き出す方法を探し、共にマガツヒに立ち向かっていく。
そして、最後にはナギが自らの力でマガツヒを撃破し、真琴たちは平穏な日々を取り戻すのだった。