物語は、陰陽寮という場所から始まります。
人々は「天啓の儀式」と「大罪の戒律」に従い生きていましたが、次第にそれが形骸化し、人間の本性が世界に災いをもたらすようになりました。
そんな中、神が災禍の導き手として一人の少年を選び出し、彼は全世界の敵となってしまいました。
時は流れ、少年は成長し、ある日、記憶喪失の少女・マカロンと出会います。
マカロンは見えないものが見えたり、ただの人間とは思えない一面を持っています。
二人は次第に心を通わせ、多彩な妖怪たちと共に、邪なる存在”マガツヒ”を討ち祓う冒険に足を踏み入れます。
彼らの仲間には、妖狐族のイズナ、犬神のアヤカシであるアスカ、水晶の中で眠っていた少女・ナギ、そしてマカロンタイガーという妖怪たちがいます。
それぞれに個性的な性格を持ち、少年とマカロンの関係に影響を与える存在となります。
物語は、彼らが力を合わせて、マガツヒを倒すために戦う様子を描きながら、少年とマカロンの関係が進展していく様子も描かれます。
彼らは、多くの試練を乗り越えながら、信頼し合い、助け合いながら、新たな世界を切り開いていくのです。