まあ一応そうなんだけど、あの世界は「表の歴史を操作しようとするテンプル騎士団」と「歴史の影に生きた正義のアサシン」の闘争の歴史みたいなのが現代に至るまで続いてるっていうのが骨子なんで、
大航海時代（戦国時代後期）が始まるまで外の世界との交流がなかった閉鎖社会ジパングにいきなり「テンプルVSアサシン」の構図を持ち込むの難しいんだよね。
逆にいうとテンプル騎士団が関与してたら後は何をやってもいい。光秀や秀吉や朝廷を裏で操っていたのは全てテンプル教団だった、くらいのぶっとび展開はいつものこと。
最新作日本編を海外から連れて来られた弥助視点で語られるのもその辺の設定を日本に自然に持ち込むための工夫だといえる。ポリコレ配慮という要素も多分に含まれているのは想像に難くない。