コックピットでスクワットしても、単純に「筋力トレーニング」としては普通に効果はあります。つまり足腰や体幹が鍛えられる分、体力的には強くなれます。

ただし「パイロットとして強くなるか？」というと話は別です。

利点

長時間の操縦で固まる血流を改善できる

下半身強化はGに耐える「耐G力」にプラスになる（戦闘機パイロットなんかは下半身に力を入れて血を上に持っていかれないようにします）

欠点

コックピットは狭いのでまともなフォームでスクワットは難しい

操縦中にやったら当然危険

なので、「コックピットでスクワット＝フィジカル的には効果あるけど現実的には難しい」です。
もし「強さ」を「ゲームやアニメのパイロット的強さ」と解釈するなら、精神修行っぽくてちょっとカッコいいかもですね。