サブスキルの装備は2種類ある
育成画面:いわゆるデフォルト、プロフィールに反映、編成にモン娘を追加するときの初期装備
編成画面:編成ごとに記録される

今回リセットされたのは後者で、デフォルトに置き換えられてしまった

普段から育成画面で適当にサブスキルつけていて、
それを編成に組み込むようなプレイスタイルなら影響はない

逆に育成画面ではサブスキルをつけず、
編成にいれてからサブスキル付けてた人は大打撃