「60FPSにする」というのが「60FPS用のモーションデータを用意してCheatEngineでFPS Flagを有効に」だと思っていたのですが、
「モーションデータは変更せず、CheatEngineでFPS Flagを有効にしてGame speedを0.5に」ということでしょうか？
もしそうだとすると、本来キーフレームの間隔が通常1フレーム毎なのが2フレーム毎になってしまいますので、
その間のフレームは自動的に補間され、どうしても「余計なフレームが入ってしまう」ことになります。
これを回避するには、Game speedは1のままで60FPS用のモーションデータを用意する必要があると思います。
60FPS用のモーションデータに変換するのは結構面倒ですが。