すごいざっくりですが、こんな感じでしょうか。
・TMCをインポート
・リグをセットアップ（以下、元のアーマチュアは変更しません）
・リグにモーションを読み込む
・NLA Editorでアクションを選択し、Tabキーを押して編集モードへ
・モーションを変更したいフレームへ移動
・IKや手首足首の回転のリグを使用したい部分のスイッチを右端まで移動（IKや手首足首の回転のリグを有効化）
・モーションを変更
・モーションを前後と繋げる
IKや手首足首の回転のリグ以外のボーンは、通常のモーション編集と同じように前後のキーフレームを削除してモーションを繋げる
IKになっている腕と脚は、MOT_*Arm.1.Rなどのボーンのキーフレームは変更する必要がなく、リグのスイッチをアニメーションさせることでモーションを繋げる
・NLA EditorでTabキーを押して編集を終了
なお、この例では既存のアクションを編集していますが、
IKや手首足首の回転のリグだけなら既存のアクションを編集せずにモーションを繋げれます。